富士山の火山活動によって形成された堰止湖で、流入する河川や湖水の流出口はない。富士五湖のひとつで、おおむね北緯35度29分20秒東経138度36分35秒に位置し、西から2番目、東から4番目にあたる。五湖中でもっとも湖水面積が狭い。最大水深は河口湖と並び3番目の深さ。本栖湖・西湖と同じ水位であり、かつては単一の大きな湖（剗の海；せのうみ、「背の海」の意か）であったと考えられているが、富士山の溶岩流でまず南西の本栖湖と分断され、『日本三代実録』に拠る貞観6年（864年）の大噴火の溶岩流によって西湖と分断された。

栄養湖でプランクトンが多く、湖色も緑色。ヘラブナやワカサギが生息している。右岸には、甲府から右左口宿を経て駿河国へ至る軍用道路である中道往還（現国道139号）が通る。毎年、カヌーの全国大会が開催されている。2007年は佐賀県で開催された。

精進湖という湖名は、富士参詣者が湖で沐浴して精進潔斎したことに由来する説や、富士の背にあたることから「背地」（せのち）と呼ばれたとする説[1]がある（『甲斐国志』による）。